吃大蒜不能治疗肛瘘，大蒜素有抗炎、抗感染的效果，但是吃完大蒜以后在消化道内经过消化和各种酶分解以后，大蒜素到肛门附近时候的量已经非常少，几乎无法起到抗菌的作用。

同时肛瘘是一个潜行的窦道，窦道内如果引流不通畅，又存在内口感染原，在上述情况下单纯进行抗感染、抗炎治疗无效。最终一定是通过手术去除感染原、清除窦道才能达到治疗的效果。所以，大蒜对于肛瘘的治疗没有帮助。