孕三烯酮胶囊能在一定程度上治疗子宫内膜异位症，目前子宫内膜异位症的治疗方法较多。子宫内膜异位症一般表现为卵巢巧克力囊肿，即卵巢子宫内膜异位囊肿，还有盆腔子宫内膜异位症，包括盆腔深部的子宫内膜异位病灶。一般需手术治疗，目的是清除病灶，但较难完全剔除干净。

子宫内膜异位症是良性疾病，但可能转移、复发，术后需对子宫内膜异位症进行治疗管理，防止其复发，可口服孕三烯酮胶囊。孕三烯酮胶囊治疗子宫内膜异位症时，能在一定程度上能防止其复发，但副作用较大，目前应用较少。目前存在比孕三烯酮更有疗效的药物，如地诺孕素，还可注射GnRH-a激动剂。