目前肠道淋巴瘤的治疗以外科治疗为主。如果肿瘤较大，容易引起压迫肠道，引起梗阻。有些淋巴瘤虽然化疗后，治疗效果较好；但是化疗以后肿瘤退缩比较明显，可能会导致肠壁平时较薄弱，大便控制不佳可能引起肠穿孔或肠破裂出血，导致重度型休克或要需要急诊手术治疗。

对于比较大的肠道淋巴瘤患者建议外科手术治疗，对于肿瘤比较小或有合并有全身其它部位的淋巴瘤，可以先进行针对于淋巴瘤的化疗。部分患者通过全身化疗治疗以后，肠道肿淋巴瘤可能会褪色比较明显，可以再通过微创治疗进行处理。由于肠道恶性淋巴瘤大部分属于结外的淋巴瘤，以非恶性淋巴瘤比较多。如果发现有肠道恶性淋巴瘤，还要进行全面的全身检查，以了解全身其它部位有无淋巴瘤的表现或者症状。