妊娠合并沙眼衣原体感染属于性接触传播的疾病，传播方式主要是性接触传播，也可能通过间接接触传播。对于该病的患者，通过做阴道分泌物沙眼衣原体培养加药敏试验，根据药敏试验结果可选用孕期对胎儿影响最小、效果最好的药物进行治疗。同时可行沙眼衣原体核酸检查辅助诊断。

如果未进行药敏试验，首选阿奇霉素进行治疗。阿奇霉素可以在医生指导下进行口服或静脉输注，一般建议治疗7-10天。口服阿奇霉素可能出现胃肠道反应，因此建议饭后服用。服用后应注意观察不良反应，如果不良反应过重应更换其它药物治疗。

此外，对于新生儿应进行沙眼衣原体预防性治疗，以避免新生儿发生沙眼衣原体肺炎。