身材矮小有很多原因，可能有的家长认为身高总是能够长得起来，但其实有些矮小并不是晚长的类型。总体而言，可能有内分泌疾病导致的矮小，也有非内分泌疾病导致的矮小，其中内分泌疾病导致的矮小生长激素缺乏是主要原因，还有甲状腺激素以及性腺激素的缺乏也会影响到身高增长的速度。所以可以看到某甲状腺功能减退的病人、先天性染色体异常导致性腺功能减退的患者，也会出现身高增长的不足以及身材矮小。
涉及到生长激素分泌异常，包括下丘脑、垂体性疾病，包括肝脏疾病，都可能会影响到生长激素轴的功能。此外，有很多慢性疾病以及心理性疾病、不同营养状态的疾病也会影响到激素分泌。如果是非内分泌疾病的情况，包括家族性矮小、特发性矮小，这些矮小也会影响最终身高不足。
