功能性腹痛综合征是功能性疾病，可以治愈，主要在于患者调节心情。在调节心情后，根据症状的轻重，使用一些止痛药物减少腹痛发生。

若药物治疗效果欠佳，可根据肠道菌群的一些异常或失衡，进行肠道益生菌的移植，效果较好。不仅需调节患者肠道菌群，还需调节患者大脑的紧张因素，因为较多功能性腹痛患者处于高敏状态，情绪多为焦虑和抑郁，所以调节心情是较重要的治疗环节。