胃肠炎最常见的病因是细菌或病毒引起的感染，还有一部分是理化因素引起，所以头孢类药物可能仅对比较敏感的细菌感染引起的胃肠炎有效，而对物理、化学因素及病毒感染引起的胃肠炎不敏感。

常见的细菌因素包括沙门氏菌、志贺杆菌、伤寒杆菌等，病毒因素包括轮状病毒、诺瓦克病毒等，对于病毒感染，头孢类药物一般没有任何作用，对于不敏感的细菌，如痢疾杆菌引起的急性肠胃炎，头孢类药物也可能没有太多效果。急性胃肠炎的治疗除抗细菌治疗外，还需其它的综合治疗，如补液支持、补充电解质等，这些相关治疗必不可少。