隐球菌脑膜炎的致病菌是隐球菌，隐球菌属有30多种，主要致病菌是格特隐球菌和新型隐球菌。隐球菌分布很广泛，如泥土、鸟的粪便，尤其是鸽子的粪便中有大量隐球菌存在。

当隐球菌吸入之后会沉淀于肺泡中，但是由于肺泡有吞噬细胞，有机体免疫功能，仅导致比较轻微的临床症状。而当免疫功能低下的时候，隐球菌可能通过血源播散到全身。隐球菌最易侵犯中枢神经系统，最终容易导致隐球菌脑膜炎，隐球性脑膜炎是致死率很高的疾病。