自然流产的原因，可能与胎儿有关，孕妇未将原发疾病控制完善或自身不知情，可能因为自然流产而检查才发存在原发疾病，主要分为以下方面：

一、胚胎原因：

即胎儿本身的因素，常见于染色体或基因异常，即存在先天畸形是自然流产的最主要原因，尤其是极早期、早期的自然流产，染色体异常的几率通常能够达到50%以上。如果有条件，孕妇自然流产后最好能检查胚胎或胎儿的染色体，对指导以后的怀孕具有辅助作用；

二、孕妇原因：

1、严重高血压：血压控制较差；

2、糖尿病：血糖控制较差；

3、甲状腺疾病：甲状腺功能减退、甲状腺功能亢进症，未通过药物治疗进行控制；

4、内分泌疾病、免疫系统疾病：有些孕妇存在抗磷脂综合征或红斑狼疮等疾病，也可能是导致胚胎自然流产的原因；

5、感染：有些孕妇本身存在严重的炎症，如盆腔炎或其他全身感染性疾病，也可能导致自然流产。