黏液表皮样癌主要以手术治疗为主，应该在尽可能保存正常功能情况下进行原发灶彻底切除，即把肿瘤扩大切除干净。黏液表皮样癌对放射线以往认为敏感度较差，单纯放疗可能较难根治，但放疗作为术后辅助治疗手段可以明显提高预后，较单纯手术切除5年生存率提高40%。

高分化黏液表皮样癌应该尽量保留面神经。面神经对患者生活质量存在较大帮助，如果肿瘤距离面神经较近，或肿瘤已经累及面神经，术后放疗可以将手术残留肿瘤细胞杀灭。另外低分化黏液表皮样癌若出现神经与肿瘤紧密粘连，或发现神经已经穿入肿瘤，均选择牺牲面神经。但是近年随着理念改变，认为保留面神经较为重要，术后结合部分放疗或放射性粒子植入，肿瘤治愈效果较好，因此更多考虑保留面神经，结合术后放疗。