颅缝早闭和囟门早闭的关系存在相关性，但不完全相关。如果患儿有颅缝早闭，比如矢状缝早闭，囟门可以闭合，也可以不闭合。如果是矢状缝和冠状缝全部都闭合，囟门则也会早闭。

囟门位于头顶，有冠状缝、矢状缝经过，冠状缝是横着经过，矢状缝则是从中间经过。在冠状缝和矢状缝交界处则为囟门，通常情况下，最晚在1岁半闭合。而如果患儿脑部发育落后，出现小头畸形，颅骨会出现废用性萎缩，囟门也会提早闭合，此时则属于小头畸形，并不是颅缝早闭。