肛周脓肿手术时间根据其手术难度有所不同：
1、简单手术：部分比较简单的手术可能5-10分钟就能完成，简单的肛脓肿手术仅予以表面切开，脓液释放、清洁脓腔、放置流纱条即可；
2、复杂手术：部分肛周脓肿手术非常复杂，可能需要0.5-1个小时才能结束，手术中需要寻找病原。多数肛周脓肿是由于肛门括约肌之间的肛隐窝腺体感染，肛隐窝腺的感染病灶在肛门内，如果肛周脓肿继发肛瘘，其内口在肛隐窝腺处，有时需要在肛周脓肿手术中寻找肛隐窝腺的内口位置，如果能找到内口则需进行肛瘘手术。有时寻找内口比较繁杂、困难，此时手术时间则较长，还有少数病人脓肿位置较高，并不是很表浅且肛周脓肿外观看不到红、肿、热、痛等表现，位置是高位甚至在肛直肌以上，此时操作非常复杂。
