扁桃体炎长期发炎不会癌变。扁桃体长期的发炎会导致扁桃体的慢性炎症，通常病人会出现咽痛，或者急性扁桃体炎的反复发作史。病人1年会有2-3次出现急性扁桃体炎，出现发热、咽痛剧烈，伴有吞咽障碍，同时伴有咽堵以及呼吸不畅等症状。
在非发作期，病人可能会出现异物感、咽干、刺激性咳嗽等症状。如果扁桃体表面有干酪样物，通常伴有细菌感染，病人可能会有口臭。如果扁桃体肿大，病人会有打鼾等症状。如果病人出现长期的慢性炎症，也可以会有细菌毒素，病人会出现低热以及全身不适等症状。
还有一些病人将这些脓栓吞咽到咽喉到胃里，会出现消化道的症状。通常慢性的扁桃体炎，如果伴有反复的急性感染，1年2-3次或者连续2年以上，慢性扁桃体炎出现扁桃体肿大，出现变态反应引起的心肌炎、肾炎、关节炎等，临床上通常需要扁桃体的切除手术。
