小儿肾结石的治疗主要根据结石成分而定，包括感染性结石，即尿酸性结石，还有代谢性结石，主要表现为尿液呈酸性状态。故治疗主要是碱化尿液，可补充碳酸氢钠或枸橼酸钾颗粒以提高尿液pH值，融化形成的结石，再通过尿液排出。

儿童较常见的结石是药物结晶性结石，是由于输注某种头孢药物产生。若此类结石量较大，造成肾脏梗阻，需及时解除梗阻，必要时应放置D-J管，再进行病因治疗。