通过足跟血检测的疾病不一样，如新生儿疾病筛查的三种疾病，即苯丙酮尿症、呆小症和蚕豆病，每一项疾病的使用方法各不相同，如先天性甲状腺功能低下症使用方法是时间分辨免疫荧光检测，而蚕豆病和苯丙酮尿症使用的是荧光分析法，而且部分地方使用足跟干血片进行耳聋基因检测。

目前通过足跟血还进行新生儿多种遗传性代谢性疾病的检测，通过物质质量和电荷之间的比值对物质进行区分，使用的是质谱法，目前对足跟血的检测方法主要是集中在三类，即时间分辨免疫荧光检测技术、荧光分析法、质谱法。