种植牙自体骨移植术后并发症包括供骨区并发症和受区并发症，具体如下：

1、口腔供骨区愈合期间可能出现疼痛、肿胀、淤血、术后感觉异常等表现，如果在颏部取骨，可能损伤相应神经，出现前牙感觉异常，一般在六个月后逐渐恢复；下颌支外斜线取骨可能损伤下颌神经和舌神经等，出现下唇、舌体以及相应面颊部感觉异常；但这种异常发生几率较低，术后容易恢复；

2、受区并发症：包括创口裂开，易继发感染，影响成骨质量，导致成骨不全或者无法彻底成骨；牙龈位置异常，牙龈对咀嚼功能、种植体周围健康非常重要，如果进行自体骨骼移植或GBR手术，术后可能影响牙龈附着，患者需要进行牙龈手术以矫正。