疼痛为肛周脓肿主要临床症状，疼痛较强烈以至于影响患者坐卧。首先应选择手术治疗，手术切开引流以后脓液排出，疼痛自然可缓解。其次，可口服止痛药物，如双氯芬酸、布洛芬、洛索洛芬等非甾体抗炎药，均相应有一定疗效。

如果仍不缓解，可以口服吗啡或杜冷丁片等阿片类药物，甚至肌注阿片类药物止疼。部分止疼药物为栓剂形式，塞肛也可达到止痛目的，如吲哚美辛栓、双氯芬酸钠栓。此外表面麻醉剂如利多卡因凝胶或奥普卡因凝胶涂抹患处，也有一定镇痛疗效。