难以说明支原体、衣原体何者引起的感染更严重。支原体、衣原体是非常相似的致病微生物，两者大小介于细菌和病毒间，均属于原核生物。一般易导致下呼吸道、泌尿生殖道感染，以泌尿生殖道感染为例，表现为尿频、尿急、尿痛等，以及尿道外口大量细胞分泌物、瘙痒感。
支原体、衣原体治疗方案一致，推荐使用大环内酯类抗生素，如罗红霉素、阿奇霉素，特别是儿童上呼吸道感染，阿奇霉素被广泛使用。支原体、衣原体感染治疗时，即便症状消失也不应停药，需要复查病原体，直至支原体、衣原体检测转为阴性，治疗才可结束，尤其是泌尿系统感染，需要治疗彻底。
