腔隙性脑梗塞的治疗，目前没有特异的治疗方法，关键在于防治高血压。动脉粥样硬化和糖尿病、纯感觉性卒中的主要病理是血管、脂肪透明变性，聚酯细胞内充满含铁血黄素。提示出现红细胞外渗，应禁止使用肝素等抗凝剂，但是可以应用阿司匹林双嘧达莫。对于纯运动性卒中，一般较少发生血管、脂肪变性，因此可以应用肝素，但是要警惕出血倾向。

发生脑梗死后，常会有器质性重症抑郁。应用抗抑郁药物，患者常会产生不易耐受的状况，一般推荐使用5-羟色胺再摄取抑制剂，对于治疗卒中后的重症抑郁，比较安全有效，并且没有明显的不良反应。无症状性的腔隙性脑梗塞，主要是针对危险因素进行治疗，如高血压、糖尿病、心律失常、高脂血症、高黏血症及颈动脉狭窄等，要积极进行治疗，可以降低复发率。