防止肌肉萎缩的发生，主要是对于肌肉萎缩的病因进行预防，但是有的肌肉萎缩无法预防，只能治疗。引发肌肉萎缩的病因有很多种，肌肉病变、神经病变、很罕见的神经肌肉接头处病变、废用性的因素都可以引起肌肉萎缩。
肌肉病变，如多发性肌炎，这是一个肌肉的自身免疫病，不能预防，只能在出现疾病之后治疗。这些神经遗传性的及营养不良性的肌肉萎缩，属于遗传性疾病，是骨骼肌发育异常，是一个基因变异，也不能预防。脊髓神经变性性疾病、前角运动细胞变性性疾病，也是没办法治疗的疾病，也预防不了。
肌肉的失神经支配，比如受到了刀割伤，神经断了，时间长了，神经、肌肉就萎缩了。对于这种情况，避免发生刀割伤，就能够预防。还有废用性肌肉萎缩，就是缺乏锻炼引起，可以预防。比如发生骨折，固定3个月之后，一拿下夹板，发现肌肉萎缩。依靠锻炼就能够防止或者治疗这种废用性肌肉萎缩。
