脑干肿瘤以往被认为是手术禁区，因为脑干在很小的范围内集中许多神经核团、传导束和网状结构等，脑干肿瘤多为浸润性生长。

胶质细胞瘤手术难度比较大，易造成脑干内重要结构损伤，手术致残以及手术死亡率均较高，预后不良；随着显微外科技术的迅速发展，使脑干手术效果明显改善，尽管脑干肿瘤手术仍有较大风险，但对于较局限、呈结节状或者囊性变分化较好的肿瘤应积极采取手术切除，其预后较好；良性脑干肿瘤，采取全切除方式可以获得根治效果。此类肿瘤的手术目的在于明确肿瘤的性质，恢复脑脊液的循环通道。

良性肿瘤全切或者次全切除术，对腺性细胞瘤一级、血管网状细胞瘤或者结核球瘤等可望获得彻底治愈；恶性肿瘤也可以进行全切或者次全切除术，部分切除术也达到充分的内减压；胶质细胞瘤术后辅助放疗或者化疗，可以延长患者的生存期。