耳垂根部疼痛的常见原因包括外耳道炎症、外耳道肿瘤、偏头痛等。当发现耳垂根部疼痛时，建议患者到医院检查外耳道是否有炎症、肿块等，另外也要检查鼓膜的情况。如果发现外耳道炎，可以口服抗生素治疗。如果发现外耳道肿块或者弥漫性肿胀，应考虑肿瘤的可能性，患者可以先做病理活检。

如果确认是肿瘤，应按照肿瘤的情况进行手术。如果是良性肿瘤，只需局部切除，如果是恶性肿瘤，应将整个外耳道以及鼓膜连同周围的腮腺一起切除。如果不是肿瘤，则可能是偏头痛所致。如果耳朵没有任何外表炎症，排除中耳、外耳以及颅内的病变以后，发生疼痛且反复发作，则可考虑偏头痛。如果确认是偏头痛，应按照偏头痛的药物治疗。