多数患者担心做试管婴儿时会出现疼痛，尤其是取卵阶段。现在随着辅助生殖技术的发展，全程并无痛苦，不存在疼痛的感觉。目前促排卵药物越来越人性化，取卵过程多采取静脉麻醉。麻醉后患者即可在患者睡眠状态下取卵，通常5-10分钟即可结束。结束后应立即停止静脉麻醉，使患者尽快苏醒。

部分患者主动采取不麻醉的方式进行取卵。若患者阴道本身对疼痛不敏感，进行取卵手术通常不会出现疼痛不适。但是有些患者卵子数量多，如多囊卵巢综合征的患者，术后会有疼痛感觉。目前采用人性化方案后，即使卵泡较多，不适症状也可得到有效缓解。