结石的治疗包括排石治疗、体外碎石以及手术治疗，如果肾、输尿管的结石在1cm以内，可以采取排石治疗。如果肾结石在2cm以内，可以考虑体外碎石治疗，但是需要医生根据具体情况给出建议。
如果输尿管结石小，但是积水较多，可能是由于输尿管狭窄以及存在息肉，需要考虑手术治疗。如果患者既往有排石史，即使结石较大，也可以考虑进行排石治疗。体外碎石具有损伤小、费用低的优点，但是部分患者的结石无法通过体外碎石击碎，或者输尿管本身合并狭窄以及息肉，即使进行体外碎石，结石也无法排出，需要考虑微创的手术治疗。目前泌尿系结石手术基本采用微创治疗，应用较多的包括经皮肾镜碎石、输尿管镜碎石以及输尿管软镜碎石手术。