牙源性肿瘤病因不明，因此无法预防。和很多的肿瘤一样，大部分肿瘤并不知道其具体原因。不知道原因的情况下就不知道该如何预防，但是牙源性肿瘤有好发的部位，特别是智齿，即第三磨牙区域是牙源性肿瘤的好发部位。因此若发现有阻生智齿，应尽早拔出，这样可当做是良性肿瘤的预防方法。总体而言，在根本上并不知道病因，也就无法预防。除了智齿区域，还有其他部位的埋伏阻生牙，特别是上颌前部，是比较常见的埋伏阻生位置，也可能会发生牙源性的肿瘤，也建议将牙拔掉。