过敏性鼻结膜炎分为两步治疗。过敏性鼻炎常用辅舒良或者糠酸米松这类激素的喷鼻液，过敏性结膜炎常用效果较好、副作用较小的抗菌素滴眼液，如妥布霉素滴眼液，联合抗组胺药滴眼液，比如奥洛他定，减少组胺肥大细胞、稳定肥大细胞、减少炎症介质的释放。
但是临床上过敏性结膜炎治疗效果经常不理想，奥洛他定在少部分病人有效，部分病人应用后效果差强人意。主要是由于炎症介质以及过敏原没有完全避免，以及机体内过敏性鼻炎没有根治。眼表最主要使用的方案是妥布霉素滴眼液预防感染为主，同时可以使用眼表修复液。
过敏性鼻结膜炎，根本是在于过敏性鼻炎，过敏性鼻炎引起的过敏性结膜炎。过敏性鼻结膜炎，还有可以进行中医的治疗。另外，提倡大家锻炼身体、提高体质，改变自身的免疫系统状态，不要让机体的免疫系统，处于错误应答的状态，才能根治过敏性鼻结膜炎。
