若病人有生育要求，二甲双胍治疗多囊卵巢综合征可以服用至怀孕。通常多囊卵巢综合征的病人合并胰岛素抵抗，为改善胰岛素抵抗，才建议病人口服二甲双胍，尤其有生育要求的病人，口服二甲双胍可提高促排卵效率。在生殖科中，多囊卵巢综合征病人应用二甲双胍的人数较多，既可改善胰岛素抵抗，也可提高促排卵效率。
二甲双胍主要的副作用是胃肠道反应，较少出现其他严重反应，如乳酸酸中毒。在生殖科中，服用二甲双胍的女性患者年龄较轻，并且多数存在生育要求，因此不用过于担心药物的副反应。对于胃肠道的不适症状，如腹泻和便秘等，需从小剂量开始适应，逐渐增加至治疗剂量。
二甲双胍是B类药物，即怀孕时服用二甲双胍对胎儿影响较小，因此不用过于担心二甲双胍对胎儿的影响。若病人没有生育要求，除非存在严重代谢异常、过度肥胖、严重胰岛素抵抗时，一般不建议病人服用二甲双胍，更多的是建议积极减肥，减轻体重后可改善胰岛素抵抗的状态。二甲双胍虽然能安全地长期服用，但也建议病人先改变生活方式。
