巧克力囊肿有一定恶变概率，在1%左右，概率比较低。

育龄期妇女的治疗主要是针对疼痛和不孕进行，对于绝经以后的巧克力囊肿，重点为预防恶变。如果囊肿比较小，可以严密的随诊观察，对于绝经后的女性，如果囊肿短期内长大，甚至疼痛节律发生变化，应该积极进行手术干预，明确诊断、切除病灶。对于有症状的女性，如巧克力囊肿＞5cm，有生育要求应该进行积极的手术干预。