磁共振是头颅检查的首选影像学检查方法，能观察到脑组织中非常多的疾病情况，比如先天发育病变、婴幼儿灰白质异位、大脑发育畸形等。也可以帮助患者发现脑中风早期影像表现，明确有无中风可能，或有无可能造成后遗症，此外还可以检查脑肿瘤。

磁共振检查除平扫外，还有增强扫描、功能成像，都能帮助医生在第一时间判定脑病变，或脑组织情况。