临床上首次发作急性肾盂肾炎，其致病菌约80%为大肠埃希菌，因此临床上留取尿培养细菌标本后，应立即开始经验性治疗。经验性治疗如下：

1、选择针对革兰氏阴性杆菌药物，若72小时内治疗无效，需根据尿培养显示药敏结果更换抗生素；

2、病情相对较轻患者，可在门诊口服对症药物进行治疗，如头孢类的头孢地尼以及左氧氟沙星等，总疗程需14天左右；

3、若为严重感染，全身症状较明显患者，建议住院治疗，并应尽早进行静脉输液治疗。静脉输液治疗首选药物包括氨苄西林、头孢类抗生素及喹诺酮类药物如左氧氟沙星等，必要时可联合用药。患者病情好转，退热后连续用药3天可改为口服抗生素；

4、若坚持治疗仍未好转患者，需注意是否合并并发症，如肾盂积脓、肾周脓肿等。

慢性肾盂肾炎治疗关键在于积极寻找并去除致病因素。慢性肾盂肾炎如若急性发作，其治疗与急性肾盂肾炎治疗一致。