肛瘘和肛周脓肿是相同疾病的不同阶段，都是肛周特殊原因导致感染以后的疾病。必须选择进行手术治疗，没有其它方法可以将其根治。脓肿是急性期，而肛瘘是慢性期，肛瘘的特点即为肛周反复破溃、流脓，出现上述情况只能明确已经是肛瘘。

因为肛周脓肿最后的预后也分为两种情况，无论是切开还是自行破溃以后都有可能自愈，但是自愈的机会在5%以下，所以95%肛周脓肿经过切开引流或者其它方法治疗以后会形成肛瘘，而形成肛瘘以后非常典型的症状即为反复破溃流脓。