非结核分枝杆菌和结核分枝杆菌的区别是非结核分枝杆菌指分枝杆菌属中，除结核分枝杆菌复合群和麻风分枝杆菌以外的其它分枝杆菌。

目前已经发现有150多种非结核分枝杆菌，并不是所有的非结核分枝杆菌对人体都致病，只有少部分致病，而且非结核分枝杆菌在人类平时生活的环境中存在，像土壤、管道水、空气中都含有非结核分枝杆菌。

结核菌是导致人类结核病的病原体，如果感染肺部则称为肺结核。肺结核可以通过患者打喷嚏、咳嗽、痰、飞沫传播，属于乙类传染病，与非结核分枝杆菌病并不相同。