部分女性注射第二针HPV疫苗后，发现意外怀孕，不建议继续注射第三针。无论注射HPV疫苗期间第几针时发现怀孕，剩下未注射的HPV疫苗，均不建议患者再次注射。

现阶段，所有的大数据都没有明确发现或者没有明确证据，可证明注射HPV疫苗对胎儿是否存在副作用及严重影响。所以，一旦发现怀孕，不建议患者继续注射剩下的HPV疫苗。