肛管癌的患者必须根据病理类型、生长部位、侵犯范围、癌细胞分化和恶性程度、有没有淋巴结转移等采取不同治疗方法。其中手术是主要治疗方法，还可以结合放疗和化学治疗方法进行联合应用。影响肛管癌预后因素主要是肿瘤分期，尤其是肿瘤浸润深度对五年生存率应该还是影响比较大，还有肿瘤分化程度和预后也有很大关系。如果分化好、没有区域淋巴结转移，五年生存率还是比较高，可以达到75%。
如果分化差又有区域淋巴结转移，患者的五年生存率就比较低，只有24%左右。综合治疗要比单一治疗预后要好，从国外研究发现，联合放化疗病人五年生存率可以提高到65%-80%，而单纯手术治疗在45%-70%之间，因此综合治疗复发率比单纯手术治疗复发率要低20%左右。此外，患者还要注意平时生活习惯改善，有规律生活降低患肛管直肠癌可能性和风险。