新生儿进行磁共振检查最大的问题是不能配合，所以对新生儿进行磁共振检查一般情况下需要进行镇静，可选择水合氯醛灌肠、肌注镇静药等方式。主要目的是使小儿进入深度睡眠，顺利完成十几分钟的检查，保证不影响整个磁共振的图像质量。

此外，磁共振没有任何辐射，对孩子不会造成任何损伤。所以最难解决的问题仍然是如何能够使孩子在深睡眠的状态下完成十几分钟的磁共振扫描检查。