肺炎衣原体感染导致的肺部感染治疗方法，与支原体卡他莫拉菌、流感嗜血杆菌、军团菌感染相同。通常临床首选大环内酯类药物，如红霉素、罗红霉素、克拉霉素、阿奇霉素，通常依据肺炎衣原体导致感染的严重程度选择口服或静脉用药。

多数肺炎衣原体导致感染的患者临床全身炎症反应不重，有高热、白细胞增多、C反应蛋白增高，但临床表现为咳嗽、咳痰或少量黏痰。如果衣原体肺炎面积不大，没有明显的胸闷、气急，可以首选口服大环内酯药，如果较为严重，尤其肺部面积较大，可以选择静脉注射大环内酯类抗生素类，只有红霉素、阿奇霉素有静脉制剂。此外成年人可以选择喹诺酮类药物，如左氧氟沙星、莫西沙星，可以选择口服，对于重症患者直接进行静脉注射。任何抗感染治疗的同时，都要协同解痉平喘、止咳化痰，应多喝水、多休息，避免辛辣食物以及理化因素的刺激。