儿童败血症作为感染性疾病，由于感染病原微生物不同需要不同疗程。一般败血症需要进行抗感染治疗7-10天，当临床症状好转，也就是体温恢复正常2-3天以上，感染症状见好转，比如咳嗽、咳痰，或尿频、尿急，以及相应感染症状好转，一般疗程需要7-10天。当临床反应不佳时，或者局部感染灶难以进行充分引流，或合并免疫功能低下时，抗感染时间就要适当延长。
在血培养阴性情况下要进行抗感染治疗，一般是要在临床症状好转，也就是体温正常，局部感染症状缓解、减轻情况下，或感染指标恢复正常，再继续治疗5-7天。如果治疗不积极或者疗程不够，可导致感染反复、迁延不愈。在血培养阳性情况下，需要积极治疗10-14天，原则上要求，对于出现严重并发症的败血症疗程需要3-4周，最好经过足量足疗程的抗生素治疗，可以再次采集血液的标本进行细菌相应的培养，出现至少两次阴性结果说明治疗比较彻底、有效，应停止治疗。
