生蚝中有很多的寄生虫，可以分为寄生在生蚝体内对人体没有损害的寄生虫，以及寄生在生蚝体内，食用后会对人体造成损害的寄生虫。重要的寄生虫为泥泡蠕虫，可寄生在生蚝体内，当食用未煮熟的生蚝或未加工好的生蚝时，泥泡蠕虫可在人体的肠道内对肠道造成损害。生蚝体内除存在寄生虫外，还有很多的病原体，如病毒、细菌等。
在食用生蚝时一定要把好食品安全关，可以选择蒸、煮，或烧烤时间稍长，将生蚝体内的寄生虫完全去除，才可安全食用生蚝。在食用生蚝时，不要认为白酒、白醋或食用的调味品可以帮助杀灭寄生虫，有研究表明，所有的调味料均不能杀灭生蚝中的寄生虫，所以延长加热时间、选择安全的进食方式，是去除生蚝寄生虫的有效选择。
