先天性上睑下垂有一定的遗传比例。在临床过程中经常看到爷爷辈、父亲辈，甚至几代都出现这种情况，同时伴有小眼畸形。眼睛小又睁不开，两个眼睛距离较远，这种是小眼畸形。小眼畸形的发生率较高，有遗传因素。
现在发现其有相关的基因位点，患者父亲、爷爷辈有这种基因，下一代都会遗传该基因，产生上睑下垂。所以，先天性上睑下垂有一定的遗传因素。如果发现有两代遗传因素，可以做基因检测，目前基因检测水平位点的检查较准确。所以先天性上睑下垂，尤其是小眼畸形这种发展的遗传几率较高。经常在临床中，母亲、父亲是这样，儿子、女儿也是这种情况。小眼睛、上睑下垂，还要注意观察。
先天性上睑下垂也有由于产伤导致，在母体内提上睑肌的肌肉受到损伤，会出现上睑下垂，这是单侧轻度的，不会遗传。
