松果体区肿瘤术后并发症，包括颅内出血、消化道出血、血液中电解质紊乱，低钠血症、高钠血症、垂体功能下降、中枢性高热、尿崩症、脑脊液鼻漏等。如果肿瘤压迫大脑大血管，可引起颅高压症，压迫四叠体可以引起双眼上视不能、瞳孔对光反应消失、双眼不能集合，以及步态不稳吗，松果体区肿瘤可以引起下丘脑的损伤而导致尿崩症。
松果体区肿瘤的位置比较深在，与四叠体、下丘脑脑干、小脑、大脑内静脉、大脑大静脉的关系比较密切。手术过程中操作比较凶险，容易损伤神经血管结构导致术后颅内出血、消化道出血、脑梗塞、大面积小脑共济失调。脑积水引起肿瘤全切不完，容易引起梗阻性脑积水难以解除，即使术后进行脑室腹腔分流，但有些病人仍然可有术后颅内感染。
如果脑积水不能得到有效根治，肿瘤压迫脑干以及脑积水产生的继发性损伤，也可以引起患者下丘脑障碍，导致长期嗜睡或者昏迷、植物生存状态。
