小儿阴茎短小的治疗根据小儿年龄决定，小儿阴茎短小的原因主要为阴茎尿道外口是不是在龟头的中央，即排除尿道下裂；包皮外口是不是过度狭窄，包茎无法解除。如果小儿在1-10岁之间，上述两种情况得到排除或确认，可以进一步观察，没必要做过多干预。男孩10岁后阴茎还没有长大，这时家长需要关注。但在青春期开始前，所有阴茎体积的程度都可以接受。
如果超过14岁，外生殖器还没有开始发育，即还没有出现阴茎增大、皮肤颜色加深、阴毛发育，这时要带着孩子去医院找医生确认是否为青春期发育延迟，因为确定的年龄界限就是14岁。14岁前任何阴茎大小都可以接受；超过14岁阴茎还没有发育，就要进入医院，可能要用促进发育的药物，药物使用的种类、时间一定要医生确定，家长无法自行治疗。
