沙眼在不同时期对应着不同的症状，沙眼在急性发作时患者会出现眼睛充血、红肿、流泪、眼睛疼痛等症状。急性期过后，沙眼会慢慢进入到慢性期或瘢痕期，此时眼睛充血、流泪的症状会逐渐减轻，随之会出现眼睛干涩、异物感。部分患者会因为沙眼而并发其他疾病，例如发生内翻倒睫、慢性泪囊炎，这时可能会造成患者出现新症状。

如果患者有慢性泪囊炎，经常在眼角会有脓液存在。内翻倒睫经常会因为倒睫毛刺激眼睛，患者会出现充血、流泪、畏光等情况，所以沙眼的症状和疾病病程相关。