肝功能全套检查不能查出乙型肝炎，乙型肝炎病毒检测是查乙型肝炎病毒抗原、抗体。肝功能全套是查肝脏功能，影响肝脏功能的疾病较多，除病毒性肝炎，如甲型肝炎、乙型肝炎、丙型肝炎、丁型肝炎、戊型肝炎外，还有其他病毒性肝炎，如EB病毒感染肝炎、巨细胞病毒感染性肝炎。
另外，细菌感染也可以引起肝脏改变，也可称肝炎。由于饮酒引起酒精性肝炎、药物性肝炎、毒物性肝炎，全身疾病引起的肝炎，进而都可以引起肝功能改变，并不是与乙型肝炎病毒单独相关。因此肝脏功能全套和乙型肝炎病毒检测是无关的两个检测，如果要判断肝功能是否异常，需要检查肝功能全套。如果检查是否有乙肝，需要查乙型肝炎病毒抗原、抗体系统。
