新鲜肛裂不一定应用手术治疗，通过涂抹药膏、水中坐浴，缓解大便干的症状进行保守治疗。如果肛裂较严重、出血量较多、疼痛较明显，需要采取手术。而陈旧性肛裂不能愈合出现合并症，如哨兵痔、肛乳头肥大、肛瘘，此时也需要采取手术。手术目的是将裂损创面完全切除，松解部分括约肌或切断部分内括约肌，使肛门恢复到原先松紧程度。
通常肛裂反复时间久以后会出现病理性肛门狭窄，即括约肌痉挛引起狭窄，需要手术切断部分括约肌。切断括约肌方法较多，包括内括下缘切断、从括约肌间沟找出内括约肌切断部分，再把创口缝合，以及括约肌切断以后纵切横缝。手术目的主要是将缩小的肛门变大，通过治疗局部裂损创面形成瘢痕后不会再出现肛裂情况，但需要掌握松解程度，避免切断括约肌愈合以后出现失禁。
