咽口水时耳痛通常由咽鼓管的问题导致，咽鼓管开口一端位于鼻咽部，另一端位于耳内，中耳腔与外界相通，是保持压力平衡的通道。若患者既往有鼻腔或咽腔的疾病，如急性鼻炎、过敏性鼻炎，或有长期咽痛，或是由上呼吸道感染造成的炎症，引起黏膜水肿，导致咽鼓管咽口堵塞，此时咽口水时可能由于压力刺激，咽鼓管咽口无法打开，引起耳部不适。早期以耳痛症状为主，后期可能伴耳闷，此为长期持续的压力不平衡造成的负压状态，引起中耳压力不平衡，从而出现耳堵、耳闷，进一步发展可能引起渗出。

出现咽口水时耳痛，应及时找医生做鼻咽部检查，查看鼻咽部的黏膜水肿、炎症、新生物等情况，以决定下一步的用药治疗。对于炎症造成的症状，可用喷剂或口服药物来缓解局部炎症，使咽喉管咽口的黏膜恢复正常，以缓解咽痛，防止中耳腔负压状态产生。