酪酸梭菌活菌散有辅助治疗便秘的作用，但仅靠其治疗便秘，效果相对有限。酪酸梭菌为肠道内益生菌，有助于调节肠道内微生态环境，及益生菌的菌群平衡，具有改善肠道消化与动力的功能。但肠道内菌群数量较大，大概为10^14，且包括不同细菌，如益生菌、过路菌、致病菌等，因此菌群多样性也较为丰富。如果仅通过补充某种细菌，对肠道细菌调节作用相对有限。除非肠道内只缺少特定的某种细菌，或少部分种类细菌，经过服用一定剂量后，对微生态环境会有所改善，但是其改善作用非常有限。
因此，如果便秘，除了应用益生菌调节外，还可以使用其他帮助改善便秘的药物，如促进肠蠕动的药物、促进肠黏膜分泌的药物，或者通过饮食，以及其它的调节神经功能等途径，通过不同作用机制药物的共同作用，进行改善便秘症状。
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