金匮肾气丸与济生肾气丸，主要的区别在于药物组成和功效上，具体如下：

1、药物组成：金匮肾气丸是在六味地黄丸基础上加附子、桂枝所成，全方由附子、桂枝、熟地黄、山药、山茱萸、茯苓、丹皮、泽泻八味药物组成，有时也称之为八味肾气丸。济生肾气丸是在六味地黄丸的基础上加附子、肉桂、车前子、牛膝所组成，所以也称之为牛车肾气丸；

2、功效：金匮肾气丸的主要作用是温补肾阳，可以用来治疗肾阳虚证的患者。济生肾气丸由于含有牛膝、车前子等药物，在温补肾阳的基础上又具有化气利水的功效，可以治疗肾阳不足，同时还可以治疗肢体浮肿的表现。