女人早上醒来两侧肾疼一整天，多久会好，需要根据不同的原因来进行判断，引起的原因具体有以下：

1、腰肌问题：绝大多数是由于床铺过软或者过硬造成的腰肌劳损，腰肌劳损可以使肌肉受到损害，一般可以在几天之内得到缓解，可以注意休息、外用药物，尤其外用膏药可以使疼痛明显得到缓解；

2、骨骼问题：如椎间盘突出或者骨质增生，夜间睡觉时由于床铺过硬或者过软，出现椎间盘突出的加重，此时不能在几天内得到明显缓解，必须经过外科进行确诊以后做相应的手术处理，才能得到彻底缓解，如果只采用保守治疗，可能暂时性得到一定程度的缓解，但当继续劳累，继续睡过软或过硬的床铺以后，可能椎间盘突出持续加重，出现不可逆的损害，必须依靠骨科来进行处理；

3、肾脏问题：肾脏造成疼痛最多的原因是感染和结石，也不排除积水或者肿瘤性病变，需要做相应检查才能确认多长时间能好。