原发性的舌咽神经痛发病的原因尚未明确，最常见的主要有三种类型。具体如下：

1、炎症：神经周围炎，尤其是舌咽神经周围出现炎症侵袭；

2、感染：出现脑膜炎、全身性感染之后，会继发舌咽神经痛；

3、压迫：神经和血管相邻，可能压迫导致发生舌咽神经痛。

患者出现舌咽神经痛后，应到不同的科室鉴别，比如做头部核磁，明确舌咽神经周边有没有肿瘤或者炎症情况出现。患者是否存在自身营养功能、免疫异常。明确诊断后，可针对不同的病因进行相应的治疗和处理。