肺孢子菌肺炎是由肺孢子菌感染导致的肺炎。肺孢子菌不属于传染的病原体，因此肺孢子菌肺炎不具备传染性，不会传染。
肺孢子菌肺炎，又可以称为卡氏肺孢子虫肺炎、卡氏肺囊虫肺炎。因为在上个世纪的50年代，肺孢子菌肺炎多半发生在早产儿、营养不良的婴儿。近10多年来，艾滋病患者的增多，艾滋病属于免疫缺陷，尤其是获得性免疫缺陷，抵抗力下降，肺孢子菌肺炎的感染率在增高，甚至可以成为艾滋病患者死亡非常重要的一个因素。肿瘤患者由于化疗、放疗，机体抵抗力下降，也会导致肺孢子菌感染导致的肺炎。免疫系统的疾病，自身免疫系统疾病的患者，长期接受免疫抑制治疗，也会引起肺孢子菌感染导致的肺炎。
肺孢子菌是一种单细胞的生物，长期被归类在原虫之内，80年代被归在真菌里。肺孢子菌是一种条件致病菌，和其它真菌感染一样，通常有易患因素，而且全身炎症反应不重，潜伏期比较长，不太容易被发现，或者很难得到肺孢子菌感染的诊断依据。通常通过纤维支气管镜肺泡灌洗，在灌洗液里检出肺孢子菌，通常是诊断肺孢子菌肺炎非常重要的诊断依据。
